Bioinformatics
UBCG, phylogenomic tree
정재준
2022. 9. 27. 13:53
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논문은 아래 링크 참조
https://link.springer.com/article/10.1007/s12275-018-8014-6
원리
Prokaryotic genome의 universal single gene 92개의 amino acid sequence로 maximum-likelihood tree 작성
설치
sudo apt-get install UBCG
genome file
NCBI assembly FTP 디렉토리에서 fna.gz 파일을 다운로드
bcg 파일을 저장할 directory 만들기
mkdir [name_directory]
분석
java -jar UBCG.jar extract -i [filename.fasta] -bcg_dir [output directory] -label [name]
java -jar UBCG.jar align -bcg_dir [directory name containing bcg file]
모두 완료되면 아래와 같은 메시지가 출력된다
The final tree marked with GSI was written to 'output/###/###.UBCG_gsi(92).codon.50.label.nwk'
LIST