UBCG, phylogenomic tree

논문은 아래 링크 참조

https://link.springer.com/article/10.1007/s12275-018-8014-6

 

원리

Prokaryotic genome의 universal single gene 92개의 amino acid sequence로 maximum-likelihood tree 작성

 

설치 

sudo apt-get install UBCG

 

genome file

NCBI assembly FTP 디렉토리에서 fna.gz 파일을 다운로드

 

bcg 파일을 저장할 directory 만들기

mkdir [name_directory]

 

분석

java -jar UBCG.jar extract -i [filename.fasta] -bcg_dir [output directory] -label [name]

java -jar UBCG.jar align -bcg_dir [directory name containing bcg file]

 

모두 완료되면 아래와 같은 메시지가 출력된다

The final tree marked with GSI was written to 'output/###/###.UBCG_gsi(92).codon.50.label.nwk'