A Fine-Tuned Universe

서로 유사하지 않은 유전체를 많은 수 분석하다보니 아래와 같은 오류가 생긴다 "number of clusters(51652) exceeds limit 5000 Multifastas not created. please check the spread for cintamination from differert species of increase the --group_limit parameter." --group_lilmit parameter로 cluster limit을 늘려주라는 말이다 논문을 찾아보니 아래 논문에서도 이 옵션을 사용한 경우가 있다 "Furthermore, we conducted pan-genome analyses using the Roary pipeline with the “-i 70 –gr..

FastANI 결과를 보면 아래와 같이 나온다 즉 genome1 genome2 ANI값 이런 식으로 나온다 하지만 보통은 matrix 형태로 정리된 아래 형태에 익숙할 것이다. 아니면 아래와 같은 형식으로 바꿔서 결과를 정리해야 할 때가 있다 그런데 비교하려는 유전체가 많아질 수록 결과를 정리하기가 힘들다. 그래서 주말에 아래와 같이 쉘스크립트를 써서 결과를 정리하였다 먼저 유전체 목록을 아래와 같이 파일로 만들었다. 사실 둘 다 같은 내용인데 가로 세로를 구분해서 생각하려고 따로 만들었다 ls *.gz > query_list ls *.gz > reference_list 그리고 아래와 같이 스크립트를 짜서 실행시켰다. #!/bin/bash while read query do awk -v genome=$q..

34개의 유전체를 roary로 분석하였다. amino acid identity 50% 기준이다 roary --f ./ -e -n -i 50 -p 64 *.gff 분석한 모든 유전체의 core gene을 query_pan_genome 스크립트로 구하였다 그 전에 분석에 사용한 모든 roary gff 파일과 query_pan_genome -a intersection *.gff 결과 파일은 확장자도 없이 'pan_genome_results' 라는 파일로 나왔다. 엑셀에서 열어보면 아래와 같다 자세히 살펴보면 gene name (gene name이 있는 경우에만, 없을 땐 protein id)가 맨 앞에 있고 그 다음에 콜론(:)이 공백(space)로 구분되어 있고 그 뒤로는 탭으로 구분된 protein id가..

내가 사용한 show-coords 명령어 nucmer -p wt_lab wt.fasta lab.fasta show-coords -rcl wt_lab.delta > wt_lab.coords 이렇게 하면 테이블 형태로 결과가 정리된다