A Fine-Tuned Universe

서로 유사하지 않은 유전체를 많은 수 분석하다보니 아래와 같은 오류가 생긴다 "number of clusters(51652) exceeds limit 5000 Multifastas not created. please check the spread for cintamination from differert species of increase the --group_limit parameter." --group_lilmit parameter로 cluster limit을 늘려주라는 말이다 논문을 찾아보니 아래 논문에서도 이 옵션을 사용한 경우가 있다 "Furthermore, we conducted pan-genome analyses using the Roary pipeline with the “-i 70 –gr..

NCBI GenBank에서 유전체 정보를 보면 자주 참고하는 자료가 있고 계속 반복되어 나오지만 실제로는 보지 않는 자료가 있다 gbk 형식은 아래와 같이 생겼는데 gene complement(1616..1951) /locus_tag="MAE_00030" CDS complement(1616..1951) /locus_tag="MAE_00030" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="ferredoxin" /protein_id="BAF99824.1" /translation="MPRITVYGQTITCDRGENLRRILLKHDISLYNGASKLINCRGIG SCGTCAVAIVGEVSAINWQEKARLSLPPHNPDNNRRLACQVKVFGDIEVTKYDGFWGQ GDSVISDQ..

Bioinformatics를 잘 하시는 분들은 스크립트로 여러가지 일을 뚝딱뚝딱 하시겠지만 많은 생물학 기반의 연구자와 대학원생들은 갑자기 유전체나 시퀀스 분석을 해야하는 상황을 만나면 당황할 수 밖에 없다. 많은 bioinformatics tool이 리눅스에서 돌아가는데 리눅스도 모르고 설치하는 것도 잘 모르겠고 각종 프로그래밍 언어도 모르고... 아무것도 모르는 상태에서 배워가면서 사용하면서 부딪히는 문제들을 두서없이 메모해서 업데이트하고 있다. 나 같은 사람이 또 있다면 도움이 되길... Official Roary sites https://sanger-pathogens.github.io/Roary/ https://github.com/microgenomics/tutorials/blob/master/p..

https://fine-tuned.tistory.com/132 [cmd] 커맨드라인에서 알집으로 압축풀기 많은 파일을 반복적으로 다루어야 하는데 마우스 클릭을 계속하려니 느리고 짜증난다 리눅스에서 하려니 리눅스가 설치되어 있지도 않고 익숙하지도 않다 커맨드라인에서 zip, unzip, tar 사용하 fine-tuned.tistory.com 조금 전 포스팅에서 커맨드라인에서 알집으로 압축풀기를 다루었는데 잘 안되는 것이 있었다 alzipcon -x 파일명 을 실행하면 압축파일 안에는 별도의 폴더가 없는데도 기본적으로 확장자까지 포함된 파일명과 동일한 폴더를 만들고 그 안에 압축을 푸는 것이었다. -xf 옵션이 도움이 될까 싶어 alzipcon -xf 파일명 이렇게 실행시키면 ERROR : 잘못된 인자 : ..