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22-09-15 추가 checkM은 prokaryotic genome이나 metagenome assembled genome의 quality를 체크해주는 프로그램이다 최근에는 checkM2가 새로 나왔다 분류단계 별 single gene set가 미리 준비되어 있고 assembled genome에서 single gene set의 존재 유무를 통해 분석한 genome의 completeness, contamination 을 추정해준다. 모든 분류단계의 single gene set이 있는 것은 아니다 어떤 genus는 list에 없다. 그럴 경우 상위 분류단계 (family, order 등) 를 기준으로 분석해야 하는데 상위 분류단계로 갈 수록 공통적으로 가지고 있는 single gene이 줄어든다. 따라서 c..

세균 genome sequencing을 위해 nanopore 시퀀싱 하였으나 pseudogene이 너무 많아 제대로 분석을 할 수가 없었다. (20%정도...) 실제로 유전체에 pseudogene이 많은게 아니라 시퀀싱 에러일 것으로 생각했기 때문에 illumina 로 한 번 더 시퀀싱 하였고 두 결과를 hybrid assembly 하고자 하였다 Unicycler는 short read를 먼저 assemble하여 contig를 만들고 long-read로 그 contig들을 scaffold 해주는 방식이다. 개발자는 이것을 short-read-first assembly 라고 부른다. 과거에는 nanopore와 같은 long-read sequencing의 depth가 낮고 정확도가 떨어지기 때문에 short-..