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Prokka - 세균 유전체 annotation

세균 유전체 annotation을 위해 가장 많이 사용하는 방법은 NCBI의 prokaryotic genome annotation pipeline (PGAP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/) 일 것이다. FASTA 파일을 업로드하면서 PGAP를 이용해 annotation을 하겠다는 옵션에 체크만 해주면 신경쓸 필요없이 쉽게 annotation을 할 수 있고 여기서 부여된 locus tag, accession number 등은 전세계 공통으로 사용할 수 있어서 편리하다 하지만 별로도 유전체 annotation을 할 일도 생기는 데 (유전체 정보를 미리 공개하고 싶지 않은 경우 등) 이 때 Prokka를 사용할 수 있다. Prokka는 세균 유..
Bioinformatics 2022. 1. 18. 10:50
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