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A Fine-Tuned Universe

Galaxy를 이용한 RNA-seq data processing (from fastq to count)

1. Upload data to galaxy (1) FTP를 이용하는 방법 Filezilla 설치 후 galaxy ftp에 접속, fastq.gz 파일을 업로드한다 Host: usegalaxy.org Username, Password 입력 usegalaxy.org 접속 후 FTP에 올려놓은 파일을 가져온다 2. Quality check FastQC를 default 값으로 수행 Short read data from your current history: input file 선택 Execute 클릭하면 output으로 raw data, HTML file 생성 3. Trimming Sickle sickle로 low-quality reads 제거 Single-end or paired-end reads: Sing..
Bioinformatics 2021. 4. 13. 17:08
Openrefine을 이용한 텍스트 편집

RNA-seq Fastq 파일을 sickle과 bwa, samtools, bedtools를 이용해 RPKM 값을 구했다 결과를 열어보니 annotation 에 ID=cds-QHU86080.1;Parent=gene-D3800_08820;Dbxref=NCBI_GP:QHU86080.1;Name=QHU86080.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002739195.1;locus_tag=D3800_08820;product=DUF928 domain-containing protein;protein_id=QHU86080.1;transl_table=11 이렇게 길게 적혀있다. 실제로 필요한 부분은 밑줄 친 locus tag과 produ..
Bioinformatics 2020. 11. 16. 16:28
RNA-seq data processing using Galaxy and Linux

1. Upload data Filezilla 설치 후 galaxy ftp에 접속, fastq.gz 파일을 업로드한다 Host: usegalaxy.org Username: Password: 2. Fetch data usegalaxy.org 접속 후 FTP에 올려놓은 파일을 가져온다 3. Quality check - FastQC FastQC로 raw data의 quality check 수행, default 값으로 - Short read data from your current history: input file 선택 - Contaminant list: 선택안함 - Adapter list: 선택안함 - Submodule and Limit specifing file: 선택안함 - Disable grouping ..
Bioinformatics 2020. 11. 11. 14:36
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