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[CheckM2] 세균유전체 quality check를 위한 checkM2 설치와 명령어 정리

세균 유전체를 연구하기 전에 이용하고자 하는 유전체의 질을 따져보는 것이 중요하다. 유전체 본래의 크기가 모두 시퀀싱이 되었는지 또는 배양이나 시퀀싱 과정에서 오염이 발생하지 않았는지, 크게 이 두 가지 요인을 확인하여 전체적인 genome quality를 유추해볼 수 있다. CheckM은 유전체의 completenes와 contamination rate을 추정하여 genome quality를 계산해주는 유용한 프로그램인데 2022년 11월에 bioRxiv에 CheckM2가 소개되었다. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.11.499243v1.abstract CheckM1은 lineage-specific marker gene의 존재 유무와 copy num..
Bioinformatics/그 외 2023. 6. 27. 17:29
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