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Unicycler로 Nanopore와 Illumina의 hybrid assembly

세균 genome sequencing을 위해 nanopore 시퀀싱 하였으나 pseudogene이 너무 많아 제대로 분석을 할 수가 없었다. (20%정도...) 실제로 유전체에 pseudogene이 많은게 아니라 시퀀싱 에러일 것으로 생각했기 때문에 illumina 로 한 번 더 시퀀싱 하였고 두 결과를 hybrid assembly 하고자 하였다 Unicycler는 short read를 먼저 assemble하여 contig를 만들고 long-read로 그 contig들을 scaffold 해주는 방식이다. 개발자는 이것을 short-read-first assembly 라고 부른다. 과거에는 nanopore와 같은 long-read sequencing의 depth가 낮고 정확도가 떨어지기 때문에 short-..
Bioinformatics 2022. 9. 13. 07:00
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