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A Fine-Tuned Universe
PULpy를 이용한 세균 유전체의 polysaccharide utilization loci (PUL) 예측
Polysaccharide utilization loci (PUL)은 세균 유전체 상에서 다당류 물질을 이용하기 위해 필요한 유전자가 모여있는 부분을 말한다. 대부분 Bacteroidetes phylum의 세균에서 주로 발견된다. Pseudomonadota (전에는 Proteobacteria 였는데 이름이 바뀌었다. 적응이 안된다.) 세균들은 다당류를 이용하더라도 PUL 형태의 gene cluster가 거의 없는 것 같다. PUL에는 다당류 분해에 필요한 glycoside hydrolase, polysaccharide lyase 와 같은 carbohydrate-active enzymes (CAZy) 뿐만 아니라 transcriptional regulator, transporter 등 유전자가 함께 존재하..
Bioinformatics/그 외
2023. 5. 30. 14:12