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[roary] 'number of clusters(51652) exceeds limit 5000 ...' 오류가 발생할 때 본문

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[roary] 'number of clusters(51652) exceeds limit 5000 ...' 오류가 발생할 때

정재준 2023. 7. 21. 11:57
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서로 유사하지 않은 유전체를 많은 수 분석하다보니 아래와 같은 오류가 생긴다

 

"number of clusters(51652) exceeds limit 5000 Multifastas not created. please check the spread for cintamination from differert species of increase the --group_limit parameter."

 

--group_lilmit parameter로 cluster limit을 늘려주라는 말이다

 

논문을 찾아보니 아래 논문에서도 이 옵션을 사용한 경우가 있다

"Furthermore, we conducted pan-genome analyses using the Roary pipeline with the “-i 70 –group_limit 500000” 

https://www.nature.com/articles/s41467-020-20199-9

 

똑같이 --group_limit에 500000을 넣어주니 오류없이 잘 돌아간다.

 

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