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Pan-genome 분석 나름대로 순서 정리 본문

Bioinformatics

Pan-genome 분석 나름대로 순서 정리

정재준 2020. 3. 12. 17:23
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(2020-04-22 edited)


Prepare nucleotide FASTA file


Go to genome database such NCBI Genome

Search the strain that you want to obtain genome

Go to FTP directory and download nucleotide FASTA file (...genomic.fna.gz)




1. Genome annotation

genome annotation이 안되어있는 경우 nucleotide fasta file을 prokka로 annotation


2. 

LIST