Artemis (Genome analysis, visualization, a circular map)

1. Artemis 설치

 

sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/

Artemis

여기에 가서 자신이 사용 중인 운영체제 선택해서 파일 다운로드

→ 적당한 폴더에 압축 풀기 (e.g. D:\artemis)

→ jar 파일 실행해서 사용 (미리 Java가 설치되어 있어야 한다)

→ 실행방법 1. 탐색기에서 더블클릭 2. 명령프롬프트에서 artemis 설치된 폴더로 가서 java -jar artemis.jar

 

2. Java 에러가 발생한다면

 

나는

JNI error has occured

어쩌구 하는 에러메시지가 뜨며 실행이 되지 않았고 Java 버전을 확인해보라는 내용이었다.

한참동안 검색해본 결과

https://www.youtube.com/watch?v=UFnSrIjpMBE

위 영상대로 했을 때 해결되었다

 

→ Java uninstall

→ Java Development 설치 (https://www.oracle.com/java/technologies/javase-downloads.html)

→ 명령 프롬프트에서 java -version 그리고 javac -version 으로 설치된 버전 확인

→ 두 명령어 모두에서 14.0 이라고 표시됨. 이 버전이 다를 경우 에러가 발생하는 것 같다.

 

3. Sequence file

 

Complete genome이라면 GenBank(full)을 다운받으면 된다

 

4. DNAplotter

java -jar dnaplotter.jar 로 실행

→ Read in sequence file

→ Option - Track manager에서 track에서 나타내고자 하는 것과 색깔 위치 등 설정 가능

→ Graph에서 GC plot, GC skew 추가 가능

→ Track manager에서 색깔 등을 조정한 후 다른 genome map에서도 같은 설정을 사용하고 싶다면 File- export track template 선택 후 저장하고 다른 map 그릴 때 이 파일을 import track template으로 불러오면 된다. GC plot과 GC skew의 설정은 저장되지 않으므로 따로 메모해뒀다가 똑같이 다시 설정해줘야 한다