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유전체 정보의 편리한 다운로드를 위해 NCBI에서 만든 command line tool로 "datasets"있다 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v2/download-and-install/ 리눅스, 맥, 윈도 모두 설치가능하다 리눅스에서 conda를 이용해 설치했다 conda create -n ncbi_datasets conda activate ncbi_datasets conda install -c conda-forge ncbi-datasets-cli 웹페이지에는 간단한 예제 명령어만 나와있는 것 같다. datasets --help로 필요한 걸 찾아보면 된다. 한 번에 모든 명령어에 대한 도움말이 나오지는 않고 datasets download --help 이렇..

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...