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내가 사용한 Nucmer 명령어 모음

nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다
Bioinformatics 2019. 7. 20. 02:27
Nucmer 결과 파일의 Header 정리

Mummer를 쓰다보면 불친절한 output에 당황하게 된다. nucmer 명령어를 사용하니 snps 파일이 만들어졌는데 header 가 무얼 의미하는지 몰라서 찾다가 결국 매뉴얼에 쓰여있는 걸 발견했다. 다시 찾기 싫어서 아래에 복붙한다. Output is to stdout and is slightly different depending on which command switches are set. F..
Bioinformatics 2019. 7. 19. 23:45
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