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[roary] query_pan_genome 스크립트로 roary 결과 다루기 (1) core gene의 protein id만 구하기

34개의 유전체를 roary로 분석하였다. amino acid identity 50% 기준이다 roary --f ./ -e -n -i 50 -p 64 *.gff 분석한 모든 유전체의 core gene을 query_pan_genome 스크립트로 구하였다 그 전에 분석에 사용한 모든 roary gff 파일과 query_pan_genome -a intersection *.gff 결과 파일은 확장자도 없이 'pan_genome_results' 라는 파일로 나왔다. 엑셀에서 열어보면 아래와 같다 자세히 살펴보면 gene name (gene name이 있는 경우에만, 없을 땐 protein id)가 맨 앞에 있고 그 다음에 콜론(:)이 공백(space)로 구분되어 있고 그 뒤로는 탭으로 구분된 protein id가..
Bioinformatics/그 외 2023. 1. 5. 16:09
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