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show-coords 로 delta 파일 활용

내가 사용한 show-coords 명령어 nucmer -p wt_lab wt.fasta lab.fasta show-coords -rcl wt_lab.delta > wt_lab.coords 이렇게 하면 테이블 형태로 결과가 정리된다
Bioinformatics 2019. 8. 7. 09:55
postnuc returned non-zero, nucmer error message

4: FINISHING DATA ERROR: Could not parse input from 'Query File'. Please check the filename and format, or file a bug report ERROR: postnuc returned non-zero 이 에러메시지가 왜 뜨는지 검색해보면 여러가지 의견이 많은데 내 경험상 query file을 우분투에서 저장하면 해결된다. 다시 말해서 윈도에서 GenBank 등에서 다운로드 받..
Bioinformatics 2019. 8. 7. 09:36
MUMmer 결과의 header 정리

지난 번에 nucmer header 에 대해 정리했는데 이번엔 mummer 결과파일의 header에 정리해놓으려고 한다. 좋은 프로그램 같긴 한데 쓰려면 알아야 할 게 많은 것 같다. (결과 예시) > ID1 4655667 1 31 4655699 33 319 4656019 353 520 4656540 874 20 > ID1 Reverse 741743 22 872 (설명) > 뒤에는 시퀀스ID 가 나온다 (inpu..
Bioinformatics 2019. 8. 5. 09:01
내가 사용한 Nucmer 명령어 모음

nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다
Bioinformatics 2019. 7. 20. 02:27
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