MUMmer 결과의 header 정리

지난 번에 nucmer header 에 대해 정리했는데

이번엔 mummer 결과파일의 header에 정리해놓으려고 한다.

좋은 프로그램 같긴 한데 쓰려면 알아야 할 게 많은 것 같다.

(결과 예시)

> ID1

 4655667         1        31

 4655699        33       319

 4656019       353       520

 4656540       874        20

> ID1 Reverse

  741743        22       872

(설명)

> 뒤에는 시퀀스ID 가 나온다 (input fasta의 >에 있는 부분)

세 개의 컬럼 중

첫 번째는 레퍼런스 시퀀스의 포지션

두 번째는 쿼리 시퀀스의 포지션

세 번째는 match 된 시퀀스의 길이

For each match, the three columns list 

the position in the reference sequence, 

the position in the query sequence, and the length of the match respectively.