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[roary] 'number of clusters(51652) exceeds limit 5000 ...' 오류가 발생할 때

서로 유사하지 않은 유전체를 많은 수 분석하다보니 아래와 같은 오류가 생긴다 "number of clusters(51652) exceeds limit 5000 Multifastas not created. please check the spread for cintamination from differert species of increase the --group_limit parameter." --group_lilmit parameter로 cluster limit을 늘려주라는 말이다 논문을 찾아보니 아래 논문에서도 이 옵션을 사용한 경우가 있다 "Furthermore, we conducted pan-genome analyses using the Roary pipeline with the “-i 70 –gr..
Bioinformatics 2023. 7. 21. 11:57
rename으로 파일 이름 한 번에 바꾸기

$ rename 's/변경전문자열/변경후문자열/' 대상파일 rename은 정규표현식을 사용하여 일정한 패턴을 가진 파일명을 한 번에 바꿀 수 있다 현재 디렉토리내의 모든 gff3 파일을 gff로 바꾸고 싶다면 아래와 같이 하면 된다 $ rename 's/.gff3/.gff/' *.gff3
Bioinformatics 2023. 7. 18. 15:06
NCBI datasets으로 유전체 다운로드 받기

유전체 정보의 편리한 다운로드를 위해 NCBI에서 만든 command line tool로 "datasets"있다 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v2/download-and-install/ 리눅스, 맥, 윈도 모두 설치가능하다 리눅스에서 conda를 이용해 설치했다 conda create -n ncbi_datasets conda activate ncbi_datasets conda install -c conda-forge ncbi-datasets-cli 웹페이지에는 간단한 예제 명령어만 나와있는 것 같다. datasets --help로 필요한 걸 찾아보면 된다. 한 번에 모든 명령어에 대한 도움말이 나오지는 않고 datasets download --help 이렇..
Bioinformatics 2023. 7. 14. 20:43
ls 모든 옵션 (man ls)

LS(1) User Commands LS(1) NAME ls - list directory contents SYNOPSIS ls [OPTION]... [FILE]... DESCRIPTION List information about the FILEs (the current directory by default). Sort entries alphabetically if none of -cftuvSUX nor --sort is specified. Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too. -a, --all do not ignore entries starting with . -A, --almost-all do not list..
Bioinformatics/Linux 2023. 7. 3. 18:41
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