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A Fine-Tuned Universe

우분투에서 소프트웨어 설치

유전체 분석을 위해서 여러가지 프로그램을 사용해야 하는데 리눅스와 컴퓨터에 대한 기본적인 개념이 없다보니 검색을 많이 해야 한다 내가 나중에 읽으려고 링크만 모아두었다 우분투에서 프로그램 설치 삭제 https://deviantcj.tistory.com/444
Bioinformatics 2019. 7. 30. 09:16
PGAP, input files

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...
Bioinformatics 2019. 7. 26. 23:20
내가 사용한 Nucmer 명령어 모음

nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다
Bioinformatics 2019. 7. 20. 02:27
Nucmer 결과 파일의 Header 정리

Mummer를 쓰다보면 불친절한 output에 당황하게 된다. nucmer 명령어를 사용하니 snps 파일이 만들어졌는데 header 가 무얼 의미하는지 몰라서 찾다가 결국 매뉴얼에 쓰여있는 걸 발견했다. 다시 찾기 싫어서 아래에 복붙한다. Output is to stdout and is slightly different depending on which command switches are set. F..
Bioinformatics 2019. 7. 19. 23:45
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