A Fine-Tuned Universe

Polysaccharide utilization loci (PUL)은 세균 유전체 상에서 다당류 물질을 이용하기 위해 필요한 유전자가 모여있는 부분을 말한다. 대부분 Bacteroidetes phylum의 세균에서 주로 발견된다. Pseudomonadota (전에는 Proteobacteria 였는데 이름이 바뀌었다. 적응이 안된다.) 세균들은 다당류를 이용하더라도 PUL 형태의 gene cluster가 거의 없는 것 같다. PUL에는 다당류 분해에 필요한 glycoside hydrolase, polysaccharide lyase 와 같은 carbohydrate-active enzymes (CAZy) 뿐만 아니라 transcriptional regulator, transporter 등 유전자가 함께 존재하..

Bioinformatics를 잘 하시는 분들은 스크립트로 여러가지 일을 뚝딱뚝딱 하시겠지만 많은 생물학 기반의 연구자와 대학원생들은 갑자기 유전체나 시퀀스 분석을 해야하는 상황을 만나면 당황할 수 밖에 없다. 많은 bioinformatics tool이 리눅스에서 돌아가는데 리눅스도 모르고 설치하는 것도 잘 모르겠고 각종 프로그래밍 언어도 모르고... 아무것도 모르는 상태에서 배워가면서 사용하면서 부딪히는 문제들을 두서없이 메모해서 업데이트하고 있다. 나 같은 사람이 또 있다면 도움이 되길... Official Roary sites https://sanger-pathogens.github.io/Roary/ https://github.com/microgenomics/tutorials/blob/master/p..

아래 블로그 내용을 공부하면서 요약한 내용입니다. 자세한 내용은 아래 블로그를 직접 참고해주세요 펄(Perl)의 사용자 입력처리: 연산자와 chomp (tistory.com) perl 사용자 입력 처리 1. line input operator diamond operator 또는 angle operator라고도 함. 이름처럼 행 (line)을 입력받는 연산자이다. 다이아몬드 사이에 파일 핸들을 넣어주면 파일을 한 줄 읽어들인다. 2. STDIN standard input의 약자로 표준입력이라고 한다. 키보드로 입력한 것 (그 외에 많은 내용이 있다고 한다, 일단은 키보드입력) 표준 입력과 반대되는 것은 standard output입니다. STDOUT이라고 쓰고 모니터 화면을 가리킨다. 키보드로 입력하고 모..

22-09-15 추가 checkM은 prokaryotic genome이나 metagenome assembled genome의 quality를 체크해주는 프로그램이다 최근에는 checkM2가 새로 나왔다 분류단계 별 single gene set가 미리 준비되어 있고 assembled genome에서 single gene set의 존재 유무를 통해 분석한 genome의 completeness, contamination 을 추정해준다. 모든 분류단계의 single gene set이 있는 것은 아니다 어떤 genus는 list에 없다. 그럴 경우 상위 분류단계 (family, order 등) 를 기준으로 분석해야 하는데 상위 분류단계로 갈 수록 공통적으로 가지고 있는 single gene이 줄어든다. 따라서 c..