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A Fine-Tuned Universe

Unicycler로 Nanopore와 Illumina의 hybrid assembly

세균 genome sequencing을 위해 nanopore 시퀀싱 하였으나 pseudogene이 너무 많아 제대로 분석을 할 수가 없었다. (20%정도...) 실제로 유전체에 pseudogene이 많은게 아니라 시퀀싱 에러일 것으로 생각했기 때문에 illumina 로 한 번 더 시퀀싱 하였고 두 결과를 hybrid assembly 하고자 하였다 Unicycler는 short read를 먼저 assemble하여 contig를 만들고 long-read로 그 contig들을 scaffold 해주는 방식이다. 개발자는 이것을 short-read-first assembly 라고 부른다. 과거에는 nanopore와 같은 long-read sequencing의 depth가 낮고 정확도가 떨어지기 때문에 short-..
Bioinformatics 2022. 9. 13. 07:00
NCBI Genome에서 genome report download 받기

각각의 genome은 시퀀스뿐만 아니라 여러가지 정보를 포함하고 있다. 예를 들면, strain 이름, size, contig 수, GC%, accession number, ftp 링크 등등의 항목이 있다. 한 두 개의 genome이 아니라 매우 많은 수의 genome의 이런 정보들을 얻고 싶은데 일일이 링크를 타고 들어가서 복붙할 수는 없는 노릇이다 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS Index of /genomes/GENOME_REPORTS ftp.ncbi.nlm.nih.gov 여기에 들어가보니 뭔가 report들을 모아놓은 느낌이 든다 README를 읽어보자 This directory contains summary reports conveyi..
카테고리 없음 2022. 6. 13. 02:13
Prokka - 세균 유전체 annotation

세균 유전체 annotation을 위해 가장 많이 사용하는 방법은 NCBI의 prokaryotic genome annotation pipeline (PGAP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/) 일 것이다. FASTA 파일을 업로드하면서 PGAP를 이용해 annotation을 하겠다는 옵션에 체크만 해주면 신경쓸 필요없이 쉽게 annotation을 할 수 있고 여기서 부여된 locus tag, accession number 등은 전세계 공통으로 사용할 수 있어서 편리하다 하지만 별로도 유전체 annotation을 할 일도 생기는 데 (유전체 정보를 미리 공개하고 싶지 않은 경우 등) 이 때 Prokka를 사용할 수 있다. Prokka는 세균 유..
Bioinformatics 2022. 1. 18. 10:50
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