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A Fine-Tuned Universe

rename으로 파일 이름 한 번에 바꾸기

$ rename 's/변경전문자열/변경후문자열/' 대상파일 rename은 정규표현식을 사용하여 일정한 패턴을 가진 파일명을 한 번에 바꿀 수 있다 현재 디렉토리내의 모든 gff3 파일을 gff로 바꾸고 싶다면 아래와 같이 하면 된다 $ rename 's/.gff3/.gff/' *.gff3
Bioinformatics 2023. 7. 18. 15:06
show-coords 로 delta 파일 활용

내가 사용한 show-coords 명령어 nucmer -p wt_lab wt.fasta lab.fasta show-coords -rcl wt_lab.delta > wt_lab.coords 이렇게 하면 테이블 형태로 결과가 정리된다
Bioinformatics 2019. 8. 7. 09:55
postnuc returned non-zero, nucmer error message

4: FINISHING DATA ERROR: Could not parse input from 'Query File'. Please check the filename and format, or file a bug report ERROR: postnuc returned non-zero 이 에러메시지가 왜 뜨는지 검색해보면 여러가지 의견이 많은데 내 경험상 query file을 우분투에서 저장하면 해결된다. 다시 말해서 윈도에서 GenBank 등에서 다운로드 받..
Bioinformatics 2019. 8. 7. 09:36
우분투에서 소프트웨어 설치

유전체 분석을 위해서 여러가지 프로그램을 사용해야 하는데 리눅스와 컴퓨터에 대한 기본적인 개념이 없다보니 검색을 많이 해야 한다 내가 나중에 읽으려고 링크만 모아두었다 우분투에서 프로그램 설치 삭제 https://deviantcj.tistory.com/444
Bioinformatics 2019. 7. 30. 09:16
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