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nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다

Mummer를 쓰다보면 불친절한 output에 당황하게 된다. nucmer 명령어를 사용하니 snps 파일이 만들어졌는데 header 가 무얼 의미하는지 몰라서 찾다가 결국 매뉴얼에 쓰여있는 걸 발견했다. 다시 찾기 싫어서 아래에 복붙한다. Output is to stdout and is slightly different depending on which command switches are set. F..

그냥 터미널에서 sudo apt install mummer 컴퓨터, 리눅스, 생명정보학에 대해 거의 모르지만 혼자 찾아가며 하나씩 해보는 중입니다 바보 같은 글을 써도 그러려니 해주세요

각종 분석 프로그램을 사용하려면 리눅스 사용이 필수적이라 우분투를 설치하기로 했다. 하지만 윈도 운영체제를 포기할 순 없고 멀티부팅을 사용해 본 결과 불편해서 Virtualbox를 이용해서 윈도 10 내에서 우분투를 사용해보기로 했다. 하지만 컴알못이라 설치 방법을 검색하다가 가장 정..