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목록Bacterial genome (2)
A Fine-Tuned Universe
MUMmer 결과의 header 정리
지난 번에 nucmer header 에 대해 정리했는데 이번엔 mummer 결과파일의 header에 정리해놓으려고 한다. 좋은 프로그램 같긴 한데 쓰려면 알아야 할 게 많은 것 같다. (결과 예시) > ID1 4655667 1 31 4655699 33 319 4656019 353 520 4656540 874 20 > ID1 Reverse 741743 22 872 (설명) > 뒤에는 시퀀스ID 가 나온다 (inpu..
Bioinformatics
2019. 8. 5. 09:01
PGAP, input files
웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...
Bioinformatics
2019. 7. 26. 23:20