A Fine-Tuned Universe

세균 유전체 annotation을 위해 가장 많이 사용하는 방법은 NCBI의 prokaryotic genome annotation pipeline (PGAP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/) 일 것이다. FASTA 파일을 업로드하면서 PGAP를 이용해 annotation을 하겠다는 옵션에 체크만 해주면 신경쓸 필요없이 쉽게 annotation을 할 수 있고 여기서 부여된 locus tag, accession number 등은 전세계 공통으로 사용할 수 있어서 편리하다 하지만 별로도 유전체 annotation을 할 일도 생기는 데 (유전체 정보를 미리 공개하고 싶지 않은 경우 등) 이 때 Prokka를 사용할 수 있다. Prokka는 세균 유..

1. Upload data to galaxy (1) FTP를 이용하는 방법 Filezilla 설치 후 galaxy ftp에 접속, fastq.gz 파일을 업로드한다 Host: usegalaxy.org Username, Password 입력 usegalaxy.org 접속 후 FTP에 올려놓은 파일을 가져온다 2. Quality check FastQC를 default 값으로 수행 Short read data from your current history: input file 선택 Execute 클릭하면 output으로 raw data, HTML file 생성 3. Trimming Sickle sickle로 low-quality reads 제거 Single-end or paired-end reads: Sing..

RNA-seq Fastq 파일을 sickle과 bwa, samtools, bedtools를 이용해 RPKM 값을 구했다 결과를 열어보니 annotation 에 ID=cds-QHU86080.1;Parent=gene-D3800_08820;Dbxref=NCBI_GP:QHU86080.1;Name=QHU86080.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002739195.1;locus_tag=D3800_08820;product=DUF928 domain-containing protein;protein_id=QHU86080.1;transl_table=11 이렇게 길게 적혀있다. 실제로 필요한 부분은 밑줄 친 locus tag과 produ..

내가 사용한 show-coords 명령어 nucmer -p wt_lab wt.fasta lab.fasta show-coords -rcl wt_lab.delta > wt_lab.coords 이렇게 하면 테이블 형태로 결과가 정리된다