A Fine-Tuned Universe

Bioinformatics를 잘 하시는 분들은 스크립트로 여러가지 일을 뚝딱뚝딱 하시겠지만 많은 생물학 기반의 연구자와 대학원생들은 갑자기 유전체나 시퀀스 분석을 해야하는 상황을 만나면 당황할 수 밖에 없다. 많은 bioinformatics tool이 리눅스에서 돌아가는데 리눅스도 모르고 설치하는 것도 잘 모르겠고 각종 프로그래밍 언어도 모르고... 아무것도 모르는 상태에서 배워가면서 사용하면서 부딪히는 문제들을 두서없이 메모해서 업데이트하고 있다. 나 같은 사람이 또 있다면 도움이 되길... Official Roary sites https://sanger-pathogens.github.io/Roary/ https://github.com/microgenomics/tutorials/blob/master/p..

https://fine-tuned.tistory.com/132 [cmd] 커맨드라인에서 알집으로 압축풀기 많은 파일을 반복적으로 다루어야 하는데 마우스 클릭을 계속하려니 느리고 짜증난다 리눅스에서 하려니 리눅스가 설치되어 있지도 않고 익숙하지도 않다 커맨드라인에서 zip, unzip, tar 사용하 fine-tuned.tistory.com 조금 전 포스팅에서 커맨드라인에서 알집으로 압축풀기를 다루었는데 잘 안되는 것이 있었다 alzipcon -x 파일명 을 실행하면 압축파일 안에는 별도의 폴더가 없는데도 기본적으로 확장자까지 포함된 파일명과 동일한 폴더를 만들고 그 안에 압축을 푸는 것이었다. -xf 옵션이 도움이 될까 싶어 alzipcon -xf 파일명 이렇게 실행시키면 ERROR : 잘못된 인자 : ..

논문은 아래 링크 참조 https://link.springer.com/article/10.1007/s12275-018-8014-6 원리 Prokaryotic genome의 universal single gene 92개의 amino acid sequence로 maximum-likelihood tree 작성 설치 sudo apt-get install UBCG genome file NCBI assembly FTP 디렉토리에서 fna.gz 파일을 다운로드 bcg 파일을 저장할 directory 만들기 mkdir [name_directory] 분석 java -jar UBCG.jar extract -i [filename.fasta] -bcg_dir [output directory] -label [name] java..

22-09-15 추가 checkM은 prokaryotic genome이나 metagenome assembled genome의 quality를 체크해주는 프로그램이다 최근에는 checkM2가 새로 나왔다 분류단계 별 single gene set가 미리 준비되어 있고 assembled genome에서 single gene set의 존재 유무를 통해 분석한 genome의 completeness, contamination 을 추정해준다. 모든 분류단계의 single gene set이 있는 것은 아니다 어떤 genus는 list에 없다. 그럴 경우 상위 분류단계 (family, order 등) 를 기준으로 분석해야 하는데 상위 분류단계로 갈 수록 공통적으로 가지고 있는 single gene이 줄어든다. 따라서 c..