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A Fine-Tuned Universe

MUMmer 결과의 header 정리

지난 번에 nucmer header 에 대해 정리했는데 이번엔 mummer 결과파일의 header에 정리해놓으려고 한다. 좋은 프로그램 같긴 한데 쓰려면 알아야 할 게 많은 것 같다. (결과 예시) > ID1 4655667 1 31 4655699 33 319 4656019 353 520 4656540 874 20 > ID1 Reverse 741743 22 872 (설명) > 뒤에는 시퀀스ID 가 나온다 (inpu..
Bioinformatics 2019. 8. 5. 09:01
우분투에서 소프트웨어 설치

유전체 분석을 위해서 여러가지 프로그램을 사용해야 하는데 리눅스와 컴퓨터에 대한 기본적인 개념이 없다보니 검색을 많이 해야 한다 내가 나중에 읽으려고 링크만 모아두었다 우분투에서 프로그램 설치 삭제 https://deviantcj.tistory.com/444
Bioinformatics 2019. 7. 30. 09:16
PGAP, input files

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...
Bioinformatics 2019. 7. 26. 23:20
내가 사용한 Nucmer 명령어 모음

nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다
Bioinformatics 2019. 7. 20. 02:27
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