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Prokka - 세균 유전체 annotation

세균 유전체 annotation을 위해 가장 많이 사용하는 방법은 NCBI의 prokaryotic genome annotation pipeline (PGAP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/) 일 것이다. FASTA 파일을 업로드하면서 PGAP를 이용해 annotation을 하겠다는 옵션에 체크만 해주면 신경쓸 필요없이 쉽게 annotation을 할 수 있고 여기서 부여된 locus tag, accession number 등은 전세계 공통으로 사용할 수 있어서 편리하다 하지만 별로도 유전체 annotation을 할 일도 생기는 데 (유전체 정보를 미리 공개하고 싶지 않은 경우 등) 이 때 Prokka를 사용할 수 있다. Prokka는 세균 유..
Bioinformatics 2022. 1. 18. 10:50
Artemis (Genome analysis, visualization, a circular map)

1. Artemis 설치 sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/ Artemis The Artemis Software is a set of software tools for genome browsing and annotation sanger-pathogens.github.io 여기에 가서 자신이 사용 중인 운영체제 선택해서 파일 다운로드 → 적당한 폴더에 압축 풀기 (e.g. D:\artemis) → jar 파일 실행해서 사용 (미리 Java가 설치되어 있어야 한다) → 실행방법 1. 탐색기에서 더블클릭 2. 명령프롬프트에서 artemis 설치된 폴더로 가서 java -jar artemis.jar 2. Java 에러가 발생한다면 나는 JNI error has occu..
Bioinformatics 2020. 8. 5. 11:41
PGAP, input files

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...
Bioinformatics 2019. 7. 26. 23:20
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