A Fine-Tuned Universe

각각의 genome은 시퀀스뿐만 아니라 여러가지 정보를 포함하고 있다. 예를 들면, strain 이름, size, contig 수, GC%, accession number, ftp 링크 등등의 항목이 있다. 한 두 개의 genome이 아니라 매우 많은 수의 genome의 이런 정보들을 얻고 싶은데 일일이 링크를 타고 들어가서 복붙할 수는 없는 노릇이다 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GENOME_REPORTS Index of /genomes/GENOME_REPORTS ftp.ncbi.nlm.nih.gov 여기에 들어가보니 뭔가 report들을 모아놓은 느낌이 든다 README를 읽어보자 This directory contains summary reports conveyi..

세균 유전체 annotation을 위해 가장 많이 사용하는 방법은 NCBI의 prokaryotic genome annotation pipeline (PGAP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/) 일 것이다. FASTA 파일을 업로드하면서 PGAP를 이용해 annotation을 하겠다는 옵션에 체크만 해주면 신경쓸 필요없이 쉽게 annotation을 할 수 있고 여기서 부여된 locus tag, accession number 등은 전세계 공통으로 사용할 수 있어서 편리하다 하지만 별로도 유전체 annotation을 할 일도 생기는 데 (유전체 정보를 미리 공개하고 싶지 않은 경우 등) 이 때 Prokka를 사용할 수 있다. Prokka는 세균 유..

1. Artemis 설치 sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/ Artemis The Artemis Software is a set of software tools for genome browsing and annotation sanger-pathogens.github.io 여기에 가서 자신이 사용 중인 운영체제 선택해서 파일 다운로드 → 적당한 폴더에 압축 풀기 (e.g. D:\artemis) → jar 파일 실행해서 사용 (미리 Java가 설치되어 있어야 한다) → 실행방법 1. 탐색기에서 더블클릭 2. 명령프롬프트에서 artemis 설치된 폴더로 가서 java -jar artemis.jar 2. Java 에러가 발생한다면 나는 JNI error has occu..

4: FINISHING DATA ERROR: Could not parse input from 'Query File'. Please check the filename and format, or file a bug report ERROR: postnuc returned non-zero 이 에러메시지가 왜 뜨는지 검색해보면 여러가지 의견이 많은데 내 경험상 query file을 우분투에서 저장하면 해결된다. 다시 말해서 윈도에서 GenBank 등에서 다운로드 받..