목록유전체 (11)

A Fine-Tuned Universe

PGAP, input files

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...
Bioinformatics 2019. 7. 26. 23:20
내가 사용한 Nucmer 명령어 모음

nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다
Bioinformatics 2019. 7. 20. 02:27
우분투에서 Mummer 설치

그냥 터미널에서 sudo apt install mummer 컴퓨터, 리눅스, 생명정보학에 대해 거의 모르지만 혼자 찾아가며 하나씩 해보는 중입니다 바보 같은 글을 써도 그러려니 해주세요
Bioinformatics 2019. 7. 1. 09:33
이전 Prev 1 2 3 Next 다음