목록Comparative genomics (4)

A Fine-Tuned Universe

UBCG, phylogenomic tree

논문은 아래 링크 참조 https://link.springer.com/article/10.1007/s12275-018-8014-6 원리 Prokaryotic genome의 universal single gene 92개의 amino acid sequence로 maximum-likelihood tree 작성 설치 sudo apt-get install UBCG genome file NCBI assembly FTP 디렉토리에서 fna.gz 파일을 다운로드 bcg 파일을 저장할 directory 만들기 mkdir [name_directory] 분석 java -jar UBCG.jar extract -i [filename.fasta] -bcg_dir [output directory] -label [name] java..
Bioinformatics 2022. 9. 27. 13:53
General procedures for comparative genomic analysis

ANI EzBiocloud - ANI calculator: 매번 FASTA 파일을 업로드 해야한다는 단점 EzBiocloud - OAT: 한 번에 분석할 수 있는 genome 수가 적고 분석 속도가 느림 KBase - FastANI 가 적절한 대안으로 생각됨 KBase 접속 - New narrative Data 에서 + 클릭 - Import 클릭 - 빈 칸에 gbff 파일을 드래그 해서 업로드 한다 주의할 점: 중간중간 화면 오른쪽 위에 있는 Save를 눌러줘야 한다iocloud - ANI calculator: 매번 FASTA 파일을 업로드 해야한다는 단점 EzBiocloud - OAT: 한 번에 분석할 수 있는 genome 수가 적고 분석 속도가 느림 KBase - FastANI 가 적절한 대안으로 생..
Bioinformatics 2021. 4. 1. 15:16
MUMmer 결과의 header 정리

지난 번에 nucmer header 에 대해 정리했는데 이번엔 mummer 결과파일의 header에 정리해놓으려고 한다. 좋은 프로그램 같긴 한데 쓰려면 알아야 할 게 많은 것 같다. (결과 예시) > ID1 4655667 1 31 4655699 33 319 4656019 353 520 4656540 874 20 > ID1 Reverse 741743 22 872 (설명) > 뒤에는 시퀀스ID 가 나온다 (inpu..
Bioinformatics 2019. 8. 5. 09:01
PGAP, input files

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...
Bioinformatics 2019. 7. 26. 23:20
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