A Fine-Tuned Universe

내가 관심있는 유전자가 어떤 기능인지 또는 기능을 알고 있는 유전자를 이용해 내가 가진 유전정보에서 해당 기능을 가진 유전자를 찾고 싶을 때 시퀀스의 유사도를 기반으로 가까운 유전자를 찾아주는 BLAST를 흔히 사용한다 몇 개의 유전자만을 찾아보려면 NCBI BLAST 페이지에서 웹 기반으로 할 수 있지만 대량의 유전자를 찾아보아야 한다면 웹에서는 할 수 없다 (시간이 나거나 생각이 날 때마다 수정해서 이 포스트를 조금씩 보완해갈 예정이다.) 1. BLAST database 만들기 BLAST database는 makeblastdb 명령어를 이용하여 만들 수 있다 nucleotide 또는 protein fasta 파일을 먼저 준비한다 이 포스트에서는 Pseudomonas mendocina strain MA..

GNUplot에 대해 잘 정리해두신 블로그를 찾았다 http://blog.daum.net/wh1988ha http://coffeenix.net/doc/gnuplot/gnuplot.html 여러가지 예재를 모아놓은 곳 http://gnuplot.sourceforge.net/demo/ https://people.duke.edu/~hpgavin/gnuplot.html

내가 사용한 show-coords 명령어 nucmer -p wt_lab wt.fasta lab.fasta show-coords -rcl wt_lab.delta > wt_lab.coords 이렇게 하면 테이블 형태로 결과가 정리된다

4: FINISHING DATA ERROR: Could not parse input from 'Query File'. Please check the filename and format, or file a bug report ERROR: postnuc returned non-zero 이 에러메시지가 왜 뜨는지 검색해보면 여러가지 의견이 많은데 내 경험상 query file을 우분투에서 저장하면 해결된다. 다시 말해서 윈도에서 GenBank 등에서 다운로드 받..

잘 정리되어 있는 블로그의 링크를 모아보았다 기본 명령어 모음 http://www.incodom.kr/Linux/%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%AA%85%EB%A0%B9%EC%96%B4 rename (파일이름바꾸기) https://webdir.tistory.com/145 cat (파일 내용 출력, 파일 생성, 파일 병합) https://withcoding.com/109 less (파일 내용 출력, 한 화면씩) http://www.incodom.kr/Linux/%..

지난 번에 nucmer header 에 대해 정리했는데 이번엔 mummer 결과파일의 header에 정리해놓으려고 한다. 좋은 프로그램 같긴 한데 쓰려면 알아야 할 게 많은 것 같다. (결과 예시) > ID1 4655667 1 31 4655699 33 319 4656019 353 520 4656540 874 20 > ID1 Reverse 741743 22 872 (설명) > 뒤에는 시퀀스ID 가 나온다 (inpu..