A Fine-Tuned Universe

설명은 나중에 하거나 안거나 아래 링크에서 시키는 대로 training.galaxyproject.org/training-material/topics/transcriptomics/tutorials/rna-seq-counts-to-genes/tutorial.html Galaxy Training: RNA-seq counts to genes Training material for all kinds of transcriptomics analysis. training.galaxyproject.org

RNA-seq Fastq 파일을 sickle과 bwa, samtools, bedtools를 이용해 RPKM 값을 구했다 결과를 열어보니 annotation 에 ID=cds-QHU86080.1;Parent=gene-D3800_08820;Dbxref=NCBI_GP:QHU86080.1;Name=QHU86080.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002739195.1;locus_tag=D3800_08820;product=DUF928 domain-containing protein;protein_id=QHU86080.1;transl_table=11 이렇게 길게 적혀있다. 실제로 필요한 부분은 밑줄 친 locus tag과 produ..

1. Upload data Filezilla 설치 후 galaxy ftp에 접속, fastq.gz 파일을 업로드한다 Host: usegalaxy.org Username: Password: 2. Fetch data usegalaxy.org 접속 후 FTP에 올려놓은 파일을 가져온다 3. Quality check - FastQC FastQC로 raw data의 quality check 수행, default 값으로 - Short read data from your current history: input file 선택 - Contaminant list: 선택안함 - Adapter list: 선택안함 - Submodule and Limit specifing file: 선택안함 - Disable grouping ..

1. Artemis 설치 sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/ Artemis The Artemis Software is a set of software tools for genome browsing and annotation sanger-pathogens.github.io 여기에 가서 자신이 사용 중인 운영체제 선택해서 파일 다운로드 → 적당한 폴더에 압축 풀기 (e.g. D:\artemis) → jar 파일 실행해서 사용 (미리 Java가 설치되어 있어야 한다) → 실행방법 1. 탐색기에서 더블클릭 2. 명령프롬프트에서 artemis 설치된 폴더로 가서 java -jar artemis.jar 2. Java 에러가 발생한다면 나는 JNI error has occu..

(2020-04-22 edited) Prepare nucleotide FASTA file Go to genome database such NCBI Genome Search the strain that you want to obtain genome Go to FTP directory and download nucleotide FASTA file (...genomic.fna.gz) 1. Genome annotation genome annotation이 안되어있는 경우 nucleotide fasta file을 prokka로 annotation 2.

내가 관심있는 유전자가 어떤 기능인지 또는 기능을 알고 있는 유전자를 이용해 내가 가진 유전정보에서 해당 기능을 가진 유전자를 찾고 싶을 때 시퀀스의 유사도를 기반으로 가까운 유전자를 찾아주는 BLAST를 흔히 사용한다 몇 개의 유전자만을 찾아보려면 NCBI BLAST 페이지에서 웹 기반으로 할 수 있지만 대량의 유전자를 찾아보아야 한다면 웹에서는 할 수 없다 (시간이 나거나 생각이 날 때마다 수정해서 이 포스트를 조금씩 보완해갈 예정이다.) 1. BLAST database 만들기 BLAST database는 makeblastdb 명령어를 이용하여 만들 수 있다 nucleotide 또는 protein fasta 파일을 먼저 준비한다 이 포스트에서는 Pseudomonas mendocina strain MA..