A Fine-Tuned Universe

웹버전의 PGAP로 세균 유전체 분석을 해보려고 한다. http://pgaweb.vlcc.cn <Input file 얻기> NCBI Assembly 에 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly ↓ 원하는 미생물 검색 후 assembly accession number 클릭 ↓ 오른쪽에 Download GenBank Assembly 클릭 ↓ 다운로드 받아야 할 파일들 (Accession number) cds_from_genomic.fna...

nucmer --prefix=lab_high_nucmer lab.fasta high.fasta # Lab strain 과 high-resistance strain의 genome을 alignment show-snps -C -T lab_high_nucmer.delta > lab_high.snps SNP을 찾되 좀 더 확실한 mutation만 (이 부분은 잘 이해못했음) Tab-delimited 파일로 정리 다른 유전체 분석할 때는 fasta 파일 이름과 prefix 바꾸면 된다

Mummer를 쓰다보면 불친절한 output에 당황하게 된다. nucmer 명령어를 사용하니 snps 파일이 만들어졌는데 header 가 무얼 의미하는지 몰라서 찾다가 결국 매뉴얼에 쓰여있는 걸 발견했다. 다시 찾기 싫어서 아래에 복붙한다. Output is to stdout and is slightly different depending on which command switches are set. F..

제주시 도남동 221-2 064-727-1107 제주공항에서 차로 10-15분 정도 걸립니다 출장다녀오는 길에 카페 하나 안 들르면 후회할 것 같아서 시간이 촉박한데도 들려서 팥빙수 한 그릇 맛잇게 먹고 왔습니다 한줄평 팥빙수 추천합니다! 음료는 안 먹어봐서 모르겠습니다. 팥을 직접 매일 준비하신다고 해요 직접 먹어보니 흔히 먹는 달고 단 팥 맛이 아니라 팥죽에서 느껴지는 그런 고소함이 살아있는 팥이더라구요 연유도 숟가락으로 조금 떠먹어봤더니 그것도 보통 먹던 연유보다는 좀 덜 단 느낌이었어요 그래서 팥빙수가 전체적으로 많이 달지 않으면서 고소한 맛이 강했습니다 팥빙수가 이런 맛이 날 수 있구나 하고 깨달았습니다 아래는 카페 내부 사진이예요. 요즘 예쁜 카페가 하도 많아서 굉장히 독특하지 않고서는 시선을..

하이픈에 들어가는 논문 제목이 Mendeley에서는 제대로 표시되는데 워드에서는 ㅁ로 깨져보인다... 어떻게 해결해야할 지 모르겠다 다음 날, 회사에가서 하니 안깨지고 잘 된다. 이유는 모르겠지만 내 랩탑이 잘못한걸로...

그냥 터미널에서 sudo apt install mummer 컴퓨터, 리눅스, 생명정보학에 대해 거의 모르지만 혼자 찾아가며 하나씩 해보는 중입니다 바보 같은 글을 써도 그러려니 해주세요