목록Bioinformatics (44)

A Fine-Tuned Universe

standalone BLAST (계속 수정 중)

내가 관심있는 유전자가 어떤 기능인지 또는 기능을 알고 있는 유전자를 이용해 내가 가진 유전정보에서 해당 기능을 가진 유전자를 찾고 싶을 때 시퀀스의 유사도를 기반으로 가까운 유전자를 찾아주는 BLAST를 흔히 사용한다 몇 개의 유전자만을 찾아보려면 NCBI BLAST 페이지에서 웹 기반으로 할 수 있지만 대량의 유전자를 찾아보아야 한다면 웹에서는 할 수 없다 (시간이 나거나 생각이 날 때마다 수정해서 이 포스트를 조금씩 보완해갈 예정이다.) 1. BLAST database 만들기 BLAST database는 makeblastdb 명령어를 이용하여 만들 수 있다 nucleotide 또는 protein fasta 파일을 먼저 준비한다 이 포스트에서는 Pseudomonas mendocina strain MA..
Bioinformatics 2019. 9. 19. 12:24
GNUPlot

GNUplot에 대해 잘 정리해두신 블로그를 찾았다 http://blog.daum.net/wh1988ha http://coffeenix.net/doc/gnuplot/gnuplot.html 여러가지 예재를 모아놓은 곳 http://gnuplot.sourceforge.net/demo/ https://people.duke.edu/~hpgavin/gnuplot.html
Bioinformatics 2019. 8. 7. 11:47
show-coords 로 delta 파일 활용

내가 사용한 show-coords 명령어 nucmer -p wt_lab wt.fasta lab.fasta show-coords -rcl wt_lab.delta > wt_lab.coords 이렇게 하면 테이블 형태로 결과가 정리된다
Bioinformatics 2019. 8. 7. 09:55
postnuc returned non-zero, nucmer error message

4: FINISHING DATA ERROR: Could not parse input from 'Query File'. Please check the filename and format, or file a bug report ERROR: postnuc returned non-zero 이 에러메시지가 왜 뜨는지 검색해보면 여러가지 의견이 많은데 내 경험상 query file을 우분투에서 저장하면 해결된다. 다시 말해서 윈도에서 GenBank 등에서 다운로드 받..
Bioinformatics 2019. 8. 7. 09:36
이전 Prev 1 ··· 6 7 8 9 10 11 Next 다음