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A Fine-Tuned Universe

Openrefine을 이용한 텍스트 편집

RNA-seq Fastq 파일을 sickle과 bwa, samtools, bedtools를 이용해 RPKM 값을 구했다 결과를 열어보니 annotation 에 ID=cds-QHU86080.1;Parent=gene-D3800_08820;Dbxref=NCBI_GP:QHU86080.1;Name=QHU86080.1;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002739195.1;locus_tag=D3800_08820;product=DUF928 domain-containing protein;protein_id=QHU86080.1;transl_table=11 이렇게 길게 적혀있다. 실제로 필요한 부분은 밑줄 친 locus tag과 produ..
Bioinformatics 2020. 11. 16. 16:28
RNA-seq data processing using Galaxy and Linux

1. Upload data Filezilla 설치 후 galaxy ftp에 접속, fastq.gz 파일을 업로드한다 Host: usegalaxy.org Username: Password: 2. Fetch data usegalaxy.org 접속 후 FTP에 올려놓은 파일을 가져온다 3. Quality check - FastQC FastQC로 raw data의 quality check 수행, default 값으로 - Short read data from your current history: input file 선택 - Contaminant list: 선택안함 - Adapter list: 선택안함 - Submodule and Limit specifing file: 선택안함 - Disable grouping ..
Bioinformatics 2020. 11. 11. 14:36
Artemis (Genome analysis, visualization, a circular map)

1. Artemis 설치 sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/ Artemis The Artemis Software is a set of software tools for genome browsing and annotation sanger-pathogens.github.io 여기에 가서 자신이 사용 중인 운영체제 선택해서 파일 다운로드 → 적당한 폴더에 압축 풀기 (e.g. D:\artemis) → jar 파일 실행해서 사용 (미리 Java가 설치되어 있어야 한다) → 실행방법 1. 탐색기에서 더블클릭 2. 명령프롬프트에서 artemis 설치된 폴더로 가서 java -jar artemis.jar 2. Java 에러가 발생한다면 나는 JNI error has occu..
Bioinformatics 2020. 8. 5. 11:41
Pan-genome 분석 나름대로 순서 정리

(2020-04-22 edited) Prepare nucleotide FASTA file Go to genome database such NCBI Genome Search the strain that you want to obtain genome Go to FTP directory and download nucleotide FASTA file (...genomic.fna.gz) 1. Genome annotation genome annotation이 안되어있는 경우 nucleotide fasta file을 prokka로 annotation 2.
Bioinformatics 2020. 3. 12. 17:23
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