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General procedures for comparative genomic analysis

ANI EzBiocloud - ANI calculator: 매번 FASTA 파일을 업로드 해야한다는 단점 EzBiocloud - OAT: 한 번에 분석할 수 있는 genome 수가 적고 분석 속도가 느림 KBase - FastANI 가 적절한 대안으로 생각됨 KBase 접속 - New narrative Data 에서 + 클릭 - Import 클릭 - 빈 칸에 gbff 파일을 드래그 해서 업로드 한다 주의할 점: 중간중간 화면 오른쪽 위에 있는 Save를 눌러줘야 한다iocloud - ANI calculator: 매번 FASTA 파일을 업로드 해야한다는 단점 EzBiocloud - OAT: 한 번에 분석할 수 있는 genome 수가 적고 분석 속도가 느림 KBase - FastANI 가 적절한 대안으로 생..
Bioinformatics 2021. 4. 1. 15:16
Sigmaplot 맨날 헷갈려서 그냥 써놓는다

실행 create new blank notebook 엑셀에서 data를 다 붙여넣는다. 예를 들면 평균값 표하고 오차 표하고 두개 이때 legend는 넣지 말고 숫자만 넣는다 Create Graph - Line/Scatter - Multiple Line&Scatter Error bar 를 선택한다 Symbol value - Worksheet Columns 선택 Data format (여기가 헷갈렸지) - X many Y Data for X1 X축에 들어갈 값 선택. 예를 들면 시간 Data for Y 와 오차를 번갈아가며 선택 마침을 누르면 그래프가 나타난다 X축 제목 우클릭, edit, Y축 제목도 수정 X축 값 우클릭, 폰트, 크기, 볼드체 선택 X축 더블클릭, range 정할 수 있다 엑셀에서 최소..
Bioinformatics 2021. 3. 26. 14:33
KEGG mapper

www.genome.jp/kegg/mapper.html
Bioinformatics 2020. 11. 19. 00:26
Statistical analysis of RNA-seq data (limma)

설명은 나중에 하거나 안거나 아래 링크에서 시키는 대로 training.galaxyproject.org/training-material/topics/transcriptomics/tutorials/rna-seq-counts-to-genes/tutorial.html Galaxy Training: RNA-seq counts to genes Training material for all kinds of transcriptomics analysis. training.galaxyproject.org
Bioinformatics 2020. 11. 18. 00:42
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